Ubatuba foi a nona cidade a ser fundada no Estado de São Paulo, e seus primeiros habitantes, os indígenas guerreiros tupinambás, a chamavam de Iperoig que tem duas traduções possíveis, pode ser uma corruptela de Ypirú-yg (o rio do tubarão), mas pode também ser uma corruptela da locução iperó-yg (rio das perobas), que são árvores da Mata Atlântica.
Em 28 de outubro de 1637, a Aldeia de Iperoig foi elevada a vila, com o nome de Vila Nova da Exaltação à Santa Cruz do Salvador de Ubatuba, subordinada à sessão norte da Capitania de Itanhaém. A ereção da nova Vila, que teve Homem da Costa como primeiro capitão-mor e ouvidor, ocorreu logo no ano em que Sá Benevides assumiu o primeiro de seus três mandatos como governador geral da Capitania do Rio de Janeiro.
O nome de Vila Nova da Exaltação à Santa Cruz do Salvador de Ubatuba, por si só, demonstrava a ligação íntima entre a fé católica e a origem colonial da cidade, depois chamada simplesmente Ubatuba em 1855. A antiga Vila ganhou status de cidade, passando por enorme desenvolvimento, quando foram construídos os grandes casarões que marcaram o apogeu de Ubatuba.
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